Après la famille de EL Hadji Abdoulaye Niasse de Kaolack, c’est la famille Ndiéguène de Thiès qui s’attaque aux travaux du Comité de Pilotage de l’Histoire Générale du Sénégal (HGS). Les descendants de El Hadji Amadou Baro Ndiéguène déclarent que leur aïeul n’est pas sorti de l’école de Seydi Hadji Malick Sy.
Le porte-parole de la Famille Ndiéguène s’insurge contre la publication de la commission dirigée par Pr Iba Der Thiam. Il proteste contre le fait que dans « la publication de l’Histoire générale du Sénégal, il a été cité, nommément, notre père et guide, El Hadji Amadou Sakhir Ndiéguène, « Borom piliane bi », comme faisant partie des figures religieuses sorties de l’école du Vénérable Cheikh El Hadj Malick Sy ».
Pour Serigne Amadou Cissé Ndiéguène Ibn Elhadj Mouhamed Sakhir, « c’est une contrevérité, une hérésie, une totale méconnaissance de cette grande personnalité, de son vénérable père El Hadji Amadou Baro Ndiéguène de Thiès et même de leur famille ! »
Le fils de Elhadj Mouhamed Sakhir rajoute : « J’espère que la commission de la rédaction de cet important ouvrage, avec à sa tête l’honorable Professeur Iba Der Thiam, voudrait bien rectifier et s’informer à bonne source pour éviter de tels impairs de parti-pris et /ou d’insulte à la mémoire de ces grands hommes qui font la Foi et la fierté de millions de fidèles à travers le monde. »